《仁医2》的开篇有一段独白：
在我们看来，今天的一切都是理所当然的：想去就能到达地球的另一端；随时都能传达思念；每天过着平凡充实的生活，以及这个能够让人忘记白天黑夜的世界……然而，这一切都是先人赐予我们的，是历史中的每个人战斗、痛苦挣扎、牺牲生命，坚决地活下去所得来的。所以，我们必须给予后人更光明的未来——用我们的双手。
这段文字与第一季开篇的独白大意相同，而省略号之后的部分比第一季的更强烈，更直白。私以为第二季的主题远比第一季宏大——先前是南方仁用江户时代的硬件条件与平成时代的医疗技术悬壶济世（藉此弘扬“神只给我们能克服的考验”的主旋律），感情戏是辅助，历史仅仅是时代背景；而在第二季里，主线变成了历史冲突，医务戏下降到可能是比感情戏更次要的地位。
南方仁的穿越在一定程度上改变了历史，比如，他将青霉素引入了1860年代的日本并开始批量生产，比弗莱明早了半个多世纪；他启发了龙马推行全民医保的构想，并将之补充进船中八策，成为九策；他阻止了龙马在三十岁生日的夜里被暗杀——将暗杀推迟到次日凌晨，将龙马的死亡推迟了一周。
这里需要提到《仁医》中“历史修正力”的概念：每当南方仁的行为试图改变或改变了历史进程时，冥冥中的天意都会过多或少地将这改变修正。龙马必须在大政奉还前死去，虽然不是在生日那天离世，在病榻上残喘几天也无妨。先这延续的几天生命，在滚滚前进的历史车轮前可能微不足道，但是对龙马很重要。因为南方仁告诉龙马，未来并没有辜负龙马毕生的期望——创造一个让死去的人来生愿意继续生活在的国家。
第二季中，编剧藉龙马之口，时刻都在强调“给予后人更光明的未来”的线索，可是，龙马本身也充满疑惑。去开创一个新的时代，务必推翻旧有的，那便难免有流血牺牲；我如何能相信付出了这些流血牺牲，这个国家会变成我所希望的模样——一个死去的人来生愿意继续生活在的国家。回归正史，在龙马死后的十年中，因为新旧势力的交接、故有社会体系的倾覆、东西方文明相融时的互斥，日本也经历了长期的动荡。因维新所爆发的诸般国内矛盾，只能通过战争来消解，其中包括入侵台湾和朝鲜，占领琉球；发展到1894年，日本实行君主立宪后仅仅五年就倾全举国之力发动了甲午战争——对这个新生军国主义国家而言，一旦战败，打击是毁灭性的。
在这历史上不存在的一周里，龙马大部分时间都处于昏迷。然而在从苏醒到离世短暂的最后时光里，龙马确信了自己生命的意义——他从南方仁的口述中看到了未来的世界（未来的日本），几十辆马车连成长龙在陆地上奔驰，巨大的铁鸟把云连接起来，穿西洋服饰的人们对着奇怪的小盒子说话……龙马问：我，创造了让大夫出生的国家？像大夫一样正直而愚蠢的人，笑着出生的国家？得到南方仁肯定的答复以后，龙马在微笑中瞑目。
生于曾经被日本侵略过的国家，看到这样的场景，我百感交集。你知道，我们自幼所受的教育，一言以蔽之不过是“为祖国的繁荣富强奋斗终生”，这简直是“创造一个让死去的人来生愿意继续生活在的国家”的翻版。我们活着的目标是创造一个理想国，为此，牺牲个体的利益甚至生命都在所不惜——从这个意义上说，刘胡兰和坂本龙马的所作所为没有质的不同。可我到了现在这个年纪，再听到“为祖国奋斗终生”类似的话，已经觉得喜感；而“给予后人更光明的未来”的旁白在这样的日剧里出现，我竟然莫名感动。
南方仁可以告诉龙马：我生活在先生所创造的国家，我正直而愚蠢，微笑着生活，我很幸福，来生还愿生在这个国家。我却无论如何难以说出这番话。在北大寄申请留学材料的时候，看到DHL站点的大叔对成群结队来寄快递的准留学生说“走吧，走了就不要再回来了”（那确实是善意的鼓励，没有一点反讽的意思）。在过去的两年中，我见到许多为了留在国外而施展浑身解数的人；在自己很小的一个交际圈里，至少到目前为止，没有人打算回到自己出生的国家。后来有一天，我开始工作，摆脱了对父母的依赖，记账、存钱、规划职业目标，开始计算自己的未来，突然兴趣萧然，觉得这样的生活跟自己独立以前有着微妙的不同——哦，原来，现在的我只是为了自己而活，而曾经的我是有着创造光明未来的包袱的。
有人写道：“对生活在我们这个国家的每一个人，如果只看到个体的恶而不去找体制的恶因，那么恶永远不会消除；但如果只是把所有的恶归咎于体制造成的环境，而不去追问自身的从恶、助恶、行恶，还把从恶、助恶、行恶视为现实的生存之道甚至称之为成熟，那么恶最终将让每个个体都成为无可救赎的受害者”。我一度以为，自己在过去两年中心态上产生的种种变化，就是所谓的“成熟”。我一度以为，只要在不作恶的底线上过好自己的生活就足够——至于向“恶”挑战的鲁莽行为，应该自作聪明地避开——这便是我定义的成熟，相比“从恶、助恶、行恶，还把从恶、助恶、行恶视为现实的生存之道”要高尚许多。然而，秉着这样的心态，我在龙马的面前应当无地自容才对。自己也曾有过如龙马般属于一个男子汉的远大理想，后来放弃了这个理想，并非是因为社会黑暗——这个社会再黑暗，恐怕也比幕府末期的日本要光明得多——放弃理想，因为自私和自卑。自私，因为不愿牺牲；自卑，因为不相信自己有能力去改变。
除了南方仁，仁医中还有一位穿越者，龙马的恩师佐久间象山。历史上的佐久间在那个信息交流极度匮乏的年代，对开国西化表现出惊人的热情和预见性，这在过去和今天看来都显得不可思议（值得一提的是，他对西方世界的观察与思考，正是从目睹清朝在鸦片战争的失利和阅读魏源的《海国图志》开始）。编剧在《仁医2》的第一集安插了这样的情节：佐久间在十岁时从树上摔下，醒来已经躺在2010年的医院里。怀着对未来世界的好奇与崇拜，他贪婪地学习着身后150年的先进文明。只可惜这段旅途很短暂，还没出院的他一边读报纸一边下楼梯，失神又摔了一跤，回到了150年前的大树下——一切都仿佛做梦一般，只有头上的弹性绷带证明他曾经穿越过。后来，佐久间穷其毕生都在追逐那个梦中的未来世界，死而后已。